1998 yılında Yerel Gündem 21 çatısı altında Bursa'ya dair ürettiği kültür projelerini, 2000 yılından sonra Bursa Araştırmaları Vakfı adına gerçekleştirdi. Demirkapı Mahallesi Projesi, Kapalıçarşı Eylem Planı, Bursa Dersleri Projesi, Bursa Kitapları Projelerinden bir kısmı uygulamaya konuldu. Ancak 2004 yılından sonra, en büyük enerjisini, Osmangazi Belediyesi'yle birlikte yürütülen “Bizim Mahalle” Projesi'ne vermekte. Uygulamaya yönelik ve sürdürülebilir olan bu proje, sadece ülkemizde değil tüm dünyanın ilgisini çekmekte. Aziz Elbas ile birlikte yürütücülüğünü yaptığı Bizim Mahalle Projesi'nin Kavaklı, Osmangazi, Mollagürani ve Alaaddin Mahallesi kitapları yayınlandı. “Bizim Köy” projesi çerçevesinde Seferiışıklar köyü kitabı hazırlandı. Halen “Bizim Çarşı” Projesi çerçevesi içinde Okçular Çarşısı çalışması yapılmakta. Gemlik Belediyesi ile birlikte de, “Bizim İlçe” Projesinin Gemlik kitabı çalışması yapılmakta.

Bursa ile ilgili çok 14 kitabı ile yüzlerce makalesi bulanan Raif Kaplanoğlu, ulusal ve uluslararası birçok kongrede bildiri sundu. Yayınlanmış kitapları şunlardır:

- Orhangazi , Ank. 1988.

- Bursa Anıtlar Ansiklopedisi , Bursa 1994

- Bursa Yer Adları Ansiklopedisi , İst. 1996

- Bithynia , İst. 1997 (Charles Texier'in Küçük Asya adlı kitabın çevirisi ve geniş bir giriş ve dipnotlarıyla birlikte)

- Bursa Ünlüler Ansiklopedisi , İst. 1998

- Bursa'da Mübadele , İst. 1999

- Seyahatnamelerde Bursa , İst. 2000 (Nurşen Günaydın'la birlikte)

- Osmanlı Devleti'nin Kuruluşu , İst. 2000

- Bursa Ansiklopedisi I , (Yer adları) İst. 2001

- Tarihsel Anıtlarıyla Orhangazi , Orhangazi 2001

- Orhangazi Folkloru , Orhangazi 2001

- Doğal ve Kültürel Anıtlarıyla Bursa , İstanbul 2003

- Bursa'nın Ekonomik ve Sosyal Göstergeleri , (Mustafa Aydın ve Vedat Atacan'la birlikte) Bursa 2004

- Prusa'dan Bursa'ya (İsmail Cengiz'le birlikte) İstanbul 2006